当前，我国磷肥产业存在的主要问题是产能过剩及磷石膏利用。
2012年底，我国磷肥折纯产能2200万t、折纯产量约1700万t，超过国内农业需求500万t。磷酸二铵实物量产能1850万t，而实际需求约900万t，磷肥产能、产量过剩是当前存在主要问题之一。
2012年我国生产了磷铵、重钙、磷酸基复合肥料1600万t P2O5。按每吨P2O5约产生5 t磷石膏计算，则2012年约新增加磷石膏产生量8000万t。除30%的磷石膏得到利用外，每年约6000万t新增磷石膏堆存在磷石膏渣场中。提高磷石膏的利用率或减少磷石膏产生量是当前磷肥产业存在的另一主要问题。
调整磷肥产品结构可部分解决上述问题。
关于磷铵生产
磷铵是国际上生产量最大的磷肥品种，具有养分含量高、节省长途运输、储存、施用成本等优点。世界磷矿储量约80%集中在摩洛哥、中国、美国，地缘性强。2001年以前，我国农民主要用“美国二铵”。近年来，美国磷铵企业出口战略发生变化，市场中心逐渐转向国内及拉丁美洲。与此同时，我国取代美国，上升为全球磷酸二铵的生产和出口第一大国。鉴于磷资源集中在西南、华中一带，为满足东北、华北对磷铵的需求，我国磷铵类肥料产量仍应保持很大的规模。此外，印度是我国磷铵出口的最大市场，2011~2012年印度磷酸二铵进口量的40%来自中国。因此，我国还应保持磷铵向南亚出口的传统。
2012年全球磷肥供应量4400万t，其中，磷铵类肥料2830万t，占63.7%。我国磷铵类肥料占74.4%，高于世界平均水平。2009年高浓度磷复肥产量占磷肥比例德国为66.7%，2012年我国为86%。鉴于我国磷矿大多为难选矿的硅钙（镁）质磷块岩，选矿后尾矿中含有较高的残余磷和镁，而磷、钙、镁、硅均为作物所需的营养元素。因此，我国应将高浓度磷复肥产量占磷肥总量比例从86%逐渐降低至60%~70%。
关于磷酸基复合肥料
2012年我国约有150万t折纯P2O5磷酸，在复肥装置内氨化加工成850万t磷酸基复合肥料，生产磷酸时，排出磷石膏750万t。全国磷酸基NPK厂产量前十名的企业，地处农业产区的山东、安徽、湖北、江苏、河北，10个企业2012年总产量近600万t，折纯P2O5100万t。建议部分可改为脲硫酸分解28%~30%高品位磷矿，不排出磷石膏，生产含P2O57%~9%的脲硫酸基复合肥料。若脲硫酸分解28%~30%高品位磷矿代替50万t折纯磷酸，可少产生275万t磷石膏，并可为土壤带入36万t硫、63万t氧化钙。
关于钙镁磷肥
直接使用含P2O514%~24%的低品位磷矿生产含P2O512%~18%的钙镁磷肥；利用含P2O5 6%~12%的磷矿选矿尾矿，或含P2O5 3%~6%、含K2O 3%~5%含钾磷矿的选矿尾渣，可生产含P2O5 6%~8%、CaO 24%~28%、MgO 10%~12%、SiO2 28%~32%的熔融硅镁磷肥，或含P2O5 5%、K2O 4%、CaO 20%、MgO 10%、SiO2 30%的熔融磷钾肥作为酸性土壤调理剂。建议将钙镁磷肥、熔融磷钾肥从目前占总产量的1.2%提升至10%。