肥料结构不合理是中国化肥应用过程中存在的突出问题，主要表现在重化肥，轻有机肥和微生物肥料；重氮肥，轻磷钾肥；重大量元素，轻中微量元素。当前，化肥的不合理使用已经影响到生态环境和食品安全，而微生物肥料已成为解决前述问题、发展绿色农业不可或缺的产品。
微生物肥料又称为菌肥和生物肥料，用于包衣称为菌剂，将微生物制剂和有机物(畜禽粪便等)或有机、无机肥料按一定工艺混合制造，称为生物肥料，或简称菌肥。微生物肥料的作用主要体现以下方面：一是培肥地力，提高化肥利用率；二是抑制农作物对重金属和农药残留的吸收；三是净化修复土壤，降低农作物病害发生；四是促进农作物秸秆腐熟利用，保护农田环境；五是提高农产品品质和保障食品安全。
微生物肥料企业目前总数超过850家，产量约850万t/a，截至2014年3月，获得农业部登记的微生物肥料数量是1824个。目前，中国微生物肥料标准体系基本建成，核心企群已经形成，已成为生物产业的重要组成部分。
作为生态肥料的一种，微生物肥料已经进入全面发展的机遇期。2011年10月，国家发改委等五部委联合发布《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》，提出新型高效生物肥料14项重点技术，主要包括：区域型工农业废弃物、城市生活垃圾治理及生产高效多功能生物肥料技术；快速腐熟秸秆生物技术；高效溶磷生物肥料技术；耐铵固氮生物肥料技术；高效解钾生物肥料技术；长残留除草剂降解生物肥料技术；肥料缓释技术；土壤保水抗旱生物肥料技术；连作障碍防治生物肥料技术；果园专用肥料及其使用技术；等等。